在过去的育种学家常收集家畜家禽及作物的自然突变型，以改良品种，但由於自然突变的发生率并不高，且所发生的突变性状无法控制，所以这样的方法渐渐地已不敷使用。近年来遗传学知识的大幅进步，使的人类发展出以人工的方法来进行育种，如以人为的方法使基因发生突变，再选择优良的性状，以作为品种改良之用，而遗传工程可说是目前最广泛应用与研究的人工育种方法。 遗传工程技术可以由植物中分离出单一基因，然后在细菌或酵母中让这些基因数量增多-亦即选殖（cloning）。经由选殖可决定单一基因之构造与机能。经选殖程序或许可将有用或改良的基因移入作物之基因群（genome）中，然后经过一连串的适应可使农作物更适合人类的需要。然而此种遗传工程技术可并入现有育种技术中以增强效果，并非完全取代传统的育种程序。 不仅主要的农作物如稻米、小麦、玉米、大麦、大豆，甚至於菸草、甜菜及油菜等由人类种植已有数百年至四千年历史。植物之栽培首先将自然界存在之品种经过交配、突变，再由其中选出大谷粒、没碎穗及抗病性强之品种。亚述古国对椰枣树进行人工授精之历史记载可追溯到***时代之前，但是否由Triticum monococcum、Triticum searsii及Triticum tauschii等三种品种之基因群经由人工传粉作用合并成具有42条染***体之小麦却没有记载。也许人工传粉作用亦可说明两个双套染***体菸草之育种，此种植物可能远在哥伦比亚时代之前南美洲人即以Nicotiana tomentosiformis 之花粉经手传粉至Nicotiana sylvestris 而产生，杂交种中有时可发现染***体有增倍现象，到那时为止植物育种工作大部分仍以二种已确立之品系彼此互相交配，在选取产量增加抗病力强及对气候较具适应力者。
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